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TET輔助重亞硫酸鹽測序(TAB-Seq)

項目介紹


DNA羥甲基化(5hmC)是新發現的一種的修飾堿基,被稱為第六堿基。
Bisulfite測序并不能區分甲基化(5mC)和羥甲基化(5hmC),實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號。
TET輔助重亞硫酸鹽測序通過對5hmC進行糖基化保護(免受TET蛋白的氧化),而5mC和C被脫氨基成尿嘧啶,進而可以從單個堿基水平鑒定5hmC。




技術優勢

單堿基分辨率的羥甲基化檢測工具

相比oxBS, 不需要同時建BS文庫

可以實現全基因組或者簡化基因組水平檢測

技術方法適合所有物種(一般推薦哺乳動物)





科學方案設計

從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析

每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計

及時高效的溝通;以保障高質量研究成果
圖片 1.png

樣本要求:基因組DNA: >= 5ug;樣品濃度>50 ng/ul;無RNA和蛋白污染

建庫測序:測序策略:Illumina HiSeq, PE150;測序深度:>=30X, TAB-Seq 文庫; 5-10GB, TAB-RRBS 文庫

信息分析



基于全基因組范圍的羥甲基化分析,

直接進行單堿基5hmC Calling,

5hmC在基因組、染色體、功能元件上的分布,

多樣本5hmC差異聚類,

差異DhMR鑒定及相關基因的功能分析,

結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘















用心服務每一個項目

較早開發羥甲基化測序檢測技術方法的團隊之一
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文

專業的技術支持,嚴格的實驗把關,豐富的項目經驗,高效的溝通機制,用心服務好每一個項目。


圖片 2.png


TET輔助重亞硫酸鹽測序(TAB-Seq)案例展示

案例分析

人腦中全基因組5hmC5mC單堿基分辨率研究

Whole-genome analysis of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at base resolution in the human brain. Genome Biol. 2014;4;15(3):R49.(IF=11.313)

一、研究背景

5-甲基胞嘧啶(5mC)可被Tet家族的酶氧化成5-羥甲基胞嘧啶(5hmC),它是5mC脫甲基的中間體,也是影響染色質結構穩定的表觀遺傳修飾。5hmC在哺乳動物大腦中特別豐富,但其功能目前尚不清楚。為了全面了解5hmC在人腦中的功能,需要一個高分辨率的羥甲基圖。

二、方法流程

1、取材:1個成年和1個胎兒腦前額皮質

2、測序:TET輔助重亞硫酸鹽測序(TAB-Seq)

TET輔助簡化重亞硫酸鹽測序(TAB-RRBS)

         全基因組甲基化測序(BS-Seq)

         轉錄組測序(RNA-Seq)

3、驗證:HPLC-MS/MS: 整體羥甲基化水平

4、功能:

三、研究結果

1) 通過聯合應用Tet輔助亞硫酸氫鹽測序和亞硫酸氫鹽測序,獲得了人腦中5hmC5mC的全基因組單堿基分辨率圖;

2) 5hmC從胎兒期到成年期明顯增加,并且在成人腦中13%CpG高度羥甲基化,在遺傳區域和遠端調節元件富集;

3) 5hmC峰分布在外顯子-內含子邊界的剪接位點,表明5hmC與剪接之間存在聯系

4) 轉錄相關5hmC對基因body正義鏈的偏向和5mC對反義鏈的偏向;

5) 5hmCH3K27me3H3K9me3標記的抑制性基因組區域呈負相關,且在穩定增強子處富集程度高于活性增強子。

四、研究結論

提供單堿基分辨率的人腦5hmC5mC圖譜,分析結果暗示5hmC在調節剪接和基因表達方面具有新的作用。羥甲基化大部分位于穩定增強子和主動轉錄區的CpG位點,表明其在這些區域的表觀遺傳調控中的作用。

                           

                  

      圖1. 人腦中的堿基分辨羥甲基化和甲基化譜                              2. 人腦羥甲基結構特征圖                                    3. 顯著的hmC變化標志著外顯子-內含子邊界





                       


               圖4. 基因表達和剪接的關系圖                                           5. 基因body上鏈偏向性的5mC5hmC分布                 6. 神經元和神經膠質中鏈偏向性的5mC5hmC分布




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