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LncRNA測序

項目介紹

lncRNAs是一類長度大于200 nt的非編碼RNA,廣泛存在于各種生物體內,在表觀遺傳、轉錄以及轉錄后等多種水平上對生命活動進行關鍵性的調控。
lncRNA測序檢測lncRNA的表達水平,識別新的lncRNA,可以有效地解析lncRNA參與生物過程的分子機制,也可作為疾病診斷的標志物或是重要靶點。



技術優勢

去除rRNA和鏈特異性文庫構建方案,

保留完整的lncRNAmRNA序列, 以及序列方向性,

系統全面的對lncRNAmRNA表達定量和結構分析,

開展lncRNAmRNA的關聯分析,深入分析lncRNA調控網絡



科學方案設計

從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析

每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計

及時高效的溝通;以保障高質量研究成果
LNCrna測序.png

樣本要求:Total RNA: >= 3 ug;樣品濃度>150 ng/ulRIN≥7; DNA和蛋白污染

建庫測序:測序策略:Illumina HiSeq, PE150;測序深度:12G

信息分析

基于lncRNAmRNA基因結構和基因表達水平分析

lncRNA進行準確篩選及高效預測靶基因,

lncRNAmRNA的比較分析、共表達網絡構建,

結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘




分析內容

LNC-RNASEQ.png








用心服務好每一個項目

已完成人、小鼠等物種進行lncRNA轉錄組測序分析,

豐富的lncRNA轉錄組與甲基化數據多組學關聯分析經驗

專業的技術支持,嚴格的實驗把關,豐富的項目經驗,高效的溝通機制,用心服務好每一個項目。


圖片 2.png


LncRNA測序常見問題

Q1:哪些物種可以研究WGBS?

1)物種具有參考基因組,至少拼接到scaffold水平;具有較為完整的注釋;

2)在項目開始之前需要考慮以下因素:

a) 是否為低甲基化率的物種;

b) 基因組是否存在復雜因素例如,很多植物基因組存在多倍體及大量的轉座子和重復區域等;

Q2:全基因組甲基化測序有哪些優勢?

在全基因組水平,單堿基分辨率檢出甲基化位點,不僅能夠高精度發現CpG島等常見區域的甲基化水平的變化,還能夠分析gene body區,基因間區等區域的甲基化水平的差異,分析甲基化對染色體的狀態以及基因結構變化的影響,從多維度分析解決生物學問題,因此,全基因組甲基化測序是研究甲基化最有力的方案。

Q3:哪些因素會影響實驗結果?

樣品DNA質量、Bisulfite處理、測序深度、測序質量等都會影響到最終的結果。

Q4:可以對無參考基因組的物種進行Bisulfite研究嗎?

Bisulfite-Seq強烈依賴基因組的完成程度,基因組質量的好壞直接影響后續的分析結果,因此更適合有完整基因組信息的物種。

Q5Bisulfite的轉化率是多少?

Bisulfite轉化率達到99%以上;一般通過加入沒有甲基化化修飾的lambda DNA來質控Bisulfite的轉化率。




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